La variante Delta de COVID a-t-elle mystérieusement disparu du Japon ?


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La cinquième vague de la variante Delta Covid-19 du Japon a pratiquement disparu de façon si spectaculaire que certains scientifiques sont perplexes quant à la raison de ce phénomène. Une équipe suggère que la souche Delta, hautement infectieuse, a muté jusqu'à l'extinction sur la nation insulaire.

La variante Delta a virtuellement disparu

À la mi-août, le Japon a connu un pic d'infections par le virus Covid-19, enregistrant plus de 23 000 nouveaux cas par jour. Aujourd'hui, ce chiffre est d'environ 170, et les décès attribués à la maladie sont restés à un chiffre ce mois-ci.

Ce déclin a été attribué par beaucoup à des taux de vaccination élevés, à l'acceptation des masques par le public et à d'autres facteurs, mais certains chercheurs affirment que la baisse était uniquement significative, par rapport à d'autres nations présentant des conditions similaires.

Ituro Inoue, généticien à l'Institut national de génétique, pense que le Japon a eu la chance de voir la souche Delta éliminer en grande partie les autres variantes du virus SRAS-CoV-2 avant de s'éradiquer. Il a expliqué la théorie de son équipe au journal Japan Times cette semaine.

Depuis quelque temps déjà, M. Inoue et ses collègues scientifiques étudient les mutations du SRAS-CoV-2 et la manière dont elles sont affectées par la protéine nsp14, qui est cruciale pour la reproduction du virus.

Les virus à ARN, comme celui à l'origine de Covid-19, ont tendance à avoir un taux de mutation très élevé, ce qui leur permet de s'adapter rapidement aux changements de l'environnement. Toutefois, cela ouvre la porte à ce que l'on appelle une "catastrophe d'erreurs", lorsque les mauvaises mutations s'accumulent et finissent par provoquer l'extinction complète d'une souche.

La protéine nsp14 semble offrir une forme de correction d'erreurs qui aide le génome du virus à rester sous le seuil de la "catastrophe des erreurs".

Théorie de l'extinction naturelle

Dans le cas de la cinquième vague de Covid-19 au Japon, le nsp14 de la variante Delta a échoué dans cette tâche, estime Inoue, en se basant sur l'étude génétique des spécimens collectés de juin à octobre. Contrairement aux attentes de son équipe, il y avait un manque de diversité génétique, tandis que de nombreux échantillons présentaient de nombreux changements génétiques dans le site appelé A394V, qui est lié à la protéine de correction des erreurs.

"Nous avons été littéralement choqués de voir ces résultats", a déclaré le chercheur au Japan Times. "Le variant Delta au Japon était hautement transmissible et [empêchait] les autres variants d'entrer. Mais au fur et à mesure que les mutations s'accumulaient, nous pensons qu'il est finalement devenu un virus défectueux et qu'il était incapable de faire des copies de lui-même."

La théorie pourrait s'appliquer à la souche précédente du SRAS, identifiée en 2003, et expliquer pourquoi elle n'a pas provoqué de pandémie. Mais cela serait difficile à confirmer, car l'épidémie s'est terminée relativement vite et n'a pas donné lieu à la collecte massive de données génétiques nécessaire pour tester l'hypothèse.

On ne sait pas exactement pourquoi le Japon a eu ce coup de chance, mais rien de comparable ne s'est produit dans d'autres pays d'Asie de l'Est, comme la Corée du Sud, où les populations sont génétiquement proches de celles du Japon. Selon M. Inoue, des mutations virales similaires à celles signalées par les scientifiques ont été découvertes dans au moins 24 pays. Lui et son équipe prévoient de publier un article détaillant leurs conclusions d'ici la fin novembre.

Même si la théorie de l'extinction naturelle se confirme, il s'agit au mieux d'un sursis temporaire pour le peuple japonais. Il est probable que de nouvelles souches plus performantes finiront par se frayer un chemin dans le pays, même si les mesures de quarantaine et le contrôle de l'immigration pourraient retarder l'émergence de nouvelles variantes au Japon, estime M. Inoue.

Pendant ce temps, Tokyo se prépare à une nouvelle vague de Covid-19 cet hiver et se prépare à vivre avec le virus. Le gouvernement aurait l'intention d'assouplir les restrictions de voyage en augmentant le nombre de personnes qu'il autorise à entrer dans le pays par jour de 3 500 à 5 000.